Studia muzyczne rozpoczął w klasie skrzypiec, a edukację wokalną kontynuował pod kierunkiem Maxa van Egmonda w Konserwatorium im. Sweelincka w Amsterdamie, gdzie uzyskał dyplom z wyróżnieniem.

Peter Kooij ma w dorobku ponad 150 wydawnictw fonograficznych nagranych dla prestiżowych wytwórni płytowych, takich jak Sony, Phillips, Virgin Classics, Erato,
EMI, BIS i innych.

Występował na całym świecie, m.in.: w Concertgebouw w Amsterdamie, Musikverein w Wiedniu, nowojorskiej Carnegie Hall, Royal Albert Hall w Londynie, Teatro Colón w Buenos Aires, Filharmonii w Berlinie, Palais Garnier w Paryżu i Suntory Hall w Tokio, pod batutą takich dyrygentów, jak: Philippe Herreweghe, Ton Koopman, Masaaki Suzuki, Frans Brüggen, Gustav Leonhardt, René Jacobs, Sigiswald Kuijken, Sir Roger Norrington i Ivan Fisher.

Jest dyrektorem artystycznym zespołu Ensemble Vocal Européen. Wykładał w Konserwatorium im. Sweelincka w Amsterdamie oraz w Wyższej Szkole Muzycznej w Hanowerze. Jest profesorem Uniwersytetu Sztuk Pięknych i Muzyki w Tokio, oraz Królewskiego Konserwatorium w Pradze, a od 2013 r. także Wyższej Szkoły Sztuk Pięknych w Bremie.

Artysta prowadzi kursy mistrzowskie w Niemczech, Francji, Portugalii, Hiszpanii, Belgii, Finlandii, Japonii i w Polsce. Peter Kooij został w 2016 roku nagrodzony prestiżowym Medalem Bachowskim w Lipsku, przyznawanym dla najważniejszych propagatorów muzyki Bacha na świecie. Z Baroque Collegium 1685 artysta współpracuje regularnie od 2018 roku.

Występował w wielu produkcjach oratoryjno-kantatowych, rejestrowanych audio/video, kreował m.in. tytułową rolę w Oratorium „Saul” G.F.Handla.

W latach 2019-2021 prowadził Klasę Mistrzowską w ramach Barokowych Wokalnych Kursów Mistrzowskich w Szczawnicy.